Храмы Патриаршего подворья в Черниговском переулке являются архитектурными памятниками XVI - XVIII веков, внесенными в реестр исторического наследия Москвы. Сохранились сведения, что в XIV веке на этом месте располагался Ивановский монастырь «под бором». Само название говорит о том, что территория, которая сейчас является центром Москвы, во времена основания здесь монастыря была окружена густым лесом. Хотя обитель и находилась за городом, она занимала стратегически важное место, так как находилась на пересечении дорог, ведущих в город.

Первое летописное упоминание о монастыре относится к 1415 году - в повествовании о рождении великого князя Василия II Темного.

В начале XVII века Заречье стали заселять посадские люди и ремесленники. Деревянные дома строились не по определенному плану, а спонтанно. Во время Смуты район неоднократно уничтожался набегами интервентов, но весьма скоро восстанавливался.

В 1514 г. по благоволению великого князя Василия III итальянский зодчий Алевиз Фрязин (Новый), архитектор Архангельского собора Московского Кремля, воздвиг на месте обветшавшей деревянной монастырской церкви каменный храм в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Храм освятили 29 августа 1515 года. А сам Ивановский монастырь «под Бором» упразднили, и храмы Черниговского переулка стали приходскими. Точные сведения о причинах упразднения или перенесения обители пока не найдены.

В 1578 г. у стен церкви Иоанна Предтечи народ с царем и митрополитом торжественно встречали перенесенные из Чернигова святые мощи князя Михаила Черниговского и его верного боярина Федора. В память об этой встрече был возведен деревянный храм во имя Черниговских чудотворцев, первое упоминание о котором относится к 1625 году. Новый храм приписали к Иоанновской церкви под Бором. А в 1675 г. на средства купчихи Иулиании Ивановны Малютиной на его месте выстроили каменный пятиглавый однопрестольный храм, сохранившийся до наших дней.

Во время Смуты 1612 года храм Иоанна Предтечи был разрушен, но в 1658 году вновь выстроен в камне. От Алевизова здания сохранились лишь белокаменные фрагменты в фундаментах и подклете храма.

В 1757 г. было начато строительство трапезной, где разместился новый придел святых чудотворцев и бессеребреников Косьмы и Дамиана Ассийских. Освящение состоялось 17 августа 1759 г. В 1772 г. принял свой окончательный вид купол на главной церкви. Одновременно с трапезной начали возводить и новую, отдельно стоящую колокольню на углу Черниговского переулка и Пятницкой улицы. Ее строительство завершили в 1781 году.

В 1896 – 1904 гг. при участии Ф.О. Шехтеля было произведено обновление храма, в частности, росписей и иконостаса.

Храмы Черниговского переулка не избежали печальной участи многих храмов и монастырей после революции. Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи был закрыт в 1917 году, храм Черниговских чудотворцев – вскоре после него. С 1924 г. в здании храма Черниговских мучеников находился молитвенный дом баптистов, а в 1934-1977 гг. склад. Милостью Божией храмам удалось избежать полной ликвидации.

В 1969 г. М.Л. Богоявленский, один из крупнейших специалистов по истории московских храмов, так описывал состояние храма святых Михаила и Федора Черниговских: «Церковь в настоящее время обезглавлена, штукатурка местами отвалилась, колокольня покрашена, позолоты нет. Внутри помещается "Управление продовольственными товарами. Райторготдел Советского района"».

Во второй половине 1970-х годов, когда столица СССР готовилась к приему иностранных гостей в связи с предстоящими Олимпийскими играми 1980 года, в ней были проведены масштабные реставрационные работы. Отреставрировали и храмы подворья вместе с отдельно стоящей колокольней в Черниговском переулке. На Иоанновской церкви вновь появились купол и крест, а в интерьере храма были обнаружены фрагменты росписей XVII и XIX вв. Также были восстановлены ограда с решеткой. На храме Черниговских мучеников покрыли изумрудной черепицей главы, раскрыли завершение с кокошниками. Стены обоих храмов были оштукатурены и побелены, трапезная и колокольня - покрашены. Реставрационные работы продолжались вплоть до 1984 года.

Последним владельцем храмов было Министерство промышленности стройматериалов СССР. В 80-е годы XX века в храме святого Иоанна Предтечи находился принадлежавший министерству демонстрационно-выставочный зал «Художественное стекло».

В 1991 г. храм Черниговских мучеников был возвращен Русской Православной Церкви. 3 октября 1993 г. состоялось его освящение. В 1997 г. возобновились богослужения и в храме Усекновения главы святого Иоанна Предтечи под Бором.

Сейчас храмы Черниговского переулка являются Патриаршим подворьем. В них ведется реставрация.

В июне 2010 г. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом комплекс зданий подворья был передан Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых Кирилла и Мефодия. Настоятелем Иоанновского храма назначен ректор ОЦАД митрополит Волоколамский Иларион.